基礎醫(yī)學院下屬3個系（法醫(yī)學系、生物技術(shù)系和病理學系）、9個教研室（生物化學與分子生物學、生理學、生物學、人體解剖學、組織學與胚胎學、微生物與免疫學、人體寄生蟲學、病理學、病理生理學）和2個綜合性實驗室（生理科學、病原生物學）。學院設有法醫(yī)學和生物技術(shù)2個本科專業(yè)。學院擁有省級特色重點學科2個、廳級重點實驗室1個、省級實驗教學示范中心1個、省級教學團隊1個、省級精品課程6門。學院有生物學和基礎醫(yī)學2個一級學科碩士點。

學院師資力量雄厚，現(xiàn)有專任教師122人，副高以上職稱教師占55.7%、45.9%的教師具有博士學位；有博士生導師5人，碩士生導師46人；有南粵優(yōu)秀教師4人、省優(yōu)秀青年教師1人、省“揚帆計劃”項目獲得者4人、“千百十工程”省級培養(yǎng)對象7人、省級教學名師1人。

近年來，學院獲得各級各類教學和科研項目150多項，發(fā)表SCI收錄論文110多篇、教研論文70多篇，主編和參編教材40多部?！袄钫苋梭w科學工作室”是學院設立的校級特色工作室，工作室微課堂閱讀量已超5000萬。

法醫(yī)學專業(yè)創(chuàng)辦于2003年，至今已連續(xù)招收15屆學生。學院始終狠抓學生的思想、專業(yè)和綜合素質(zhì)教育，逐步形成了“素質(zhì)過硬、技能扎實、知識全面”的法醫(yī)學專業(yè)人才培養(yǎng)特色。該專業(yè)在省內(nèi)、外11個公安局建有穩(wěn)定的法醫(yī)學臨案實習基地。廣東醫(yī)科大學司法鑒定中心是依托法醫(yī)學系開辦的、通過CNAS實驗室認可的司法鑒定機構(gòu)，承擔法醫(yī)學系專業(yè)課的見習、實習和對外司法鑒定服務職能。法醫(yī)學專業(yè)畢業(yè)生就業(yè)前景良好，近年來一次性就業(yè)率均在95%以上，2016屆、2017屆畢業(yè)生考取國家公務員的比例超過50%。

生物技術(shù)專業(yè)是2016年新辦專業(yè)，主要依托我院生物學一級學科的師資力量，注重生物技術(shù)與基礎醫(yī)學相結(jié)合，培養(yǎng)“厚基礎、寬口徑、強技能、重創(chuàng)新”的生物技術(shù)高級專門人才。生物化學與分子生物學是廣東省特色重點學科，該學科擁有教授10名，并建有2個教育廳重點實驗室。雄厚的師資力量和教學條件為生物技術(shù)專業(yè)的開設提供了良好條件。