1956年重慶醫(yī)學院建院，同年成立了馬列主義教研室，曾紫霞（中共地下黨員，中國人民大學哲學系畢業(yè)，小說《紅巖》中孫明霞的原型人物 ）擔任教研室主任。1982年成立德育教研室；1985年馬列主義教研室與德育教研室合并，成立社會科學教學部；2000年在社科部的組織架構基礎上成立公共事業(yè)管理系；2003年成立人文社會學院，下設社會科學教學部和公共事業(yè)管理系；2005年人文社會學院更名為管理學院，與社會科學教學部合署辦公。2010年4月，學校根據(jù)中宣部、教育部有關加強大學生思想政治教育，成立獨立二級機構的文件精神，把“社會科學教學部”更名為“思想政治教育學院”，成為獨立的直屬學校領導的從事大學生思想政治教育的二級機構。2018年6月26日，為深入貫徹落實全國和全市高校政治工作精神，進一步加強學校思想政治理論課建設和馬克思主義理論的教學、科研、宣傳和人才培養(yǎng)，學校將思想政治教育學院更名為馬克思主義學院。在學校黨委、行政的領導下，充分發(fā)揮思想政治理論課在高校思想政治教育中的主渠道作用，引導和幫助學生樹立正確的世界觀、人生觀和價值觀。主要工作職責是：負責全校思想政治理論課教學、科研、社會服務和相關管理工作；負責全校思想政治理論課教師隊伍建設；負責馬克思主義理論學科建設、人才培養(yǎng)和科研隊伍建設等工作。歷時60余年，自身也經(jīng)歷了一個幾經(jīng)演變發(fā)展成長之路。目前，學院有2個科研平臺：醫(yī)學人文研究中心和重慶市高校黨建研究咨政重慶醫(yī)科大學分中心；5個教研室：馬克思主義原理教研室、馬克思主義中國化理論教研室、中國近現(xiàn)代史綱要教研室、德育教研室、形勢政策教研室；有3個校級哲學社會科學創(chuàng)新團隊：馬克思主義視野下醫(yī)療改革與文化建設團隊、思想政治教育創(chuàng)新研究團隊、醫(yī)學倫理學研究創(chuàng)新團隊。

學院現(xiàn)有教職員工29人，正教授6人，副教授3人。學院有全國高校思想政治理論課教師2014年度影響力人物、重慶市學術帶頭人后備人選、重慶市高校思想政治理論課優(yōu)秀教師、重慶市“五個一批”優(yōu)秀理論人才以及重慶市高校中青年骨干教師等各類優(yōu)秀人才。學院近年來承擔國家社會科學基金橫向合作項目1項，承擔教育部、重慶市社科聯(lián)、重慶市科委、重慶市教委的科研項目20余項。主編出版了多種著作和教材，每年均有30多篇論文發(fā)表于國內(nèi)有影響的各種期刊上。獲得過教育部教育教學優(yōu)秀成果三等獎，重慶市哲學社會科學優(yōu)秀成果一、二等獎，重慶市優(yōu)秀教學成果獎等多項獎項。

為了加強思想政治教育的時效性和實效性，學院不斷進行教學改革和創(chuàng)新。一是探索構建符合高校實際、學生實際、思想政治教育實際的過程性評價機制，挖掘學生的興趣和潛能，調(diào)動學生思想政治理論課的學習積極性，促使學生從被動接受教育轉變?yōu)橹鲃訁⑴c學習，培養(yǎng)學生的合作意識、責任感和協(xié)作能力，提高思想政治理論課實效性和時效性，實現(xiàn)思想政治教育的育人目的。二是在教師中開展“思政教育進園區(qū)”的活動。教師利用課余時間，走進學生園區(qū)，走進學生寢室。通過活動的扎實開展，拉近了教師與學生的距離，強化了黨的方針、政策、路線在學生日常生活中的宣傳，提高了學生對黨的基本理論和中國特色社會主義事業(yè)的理解和認識，解決了當前思想政治教育與學生實際要求相脫節(jié)的矛盾，探索出了一條符合我校實際的思想政治教育新模式。

學科建設方面，學院有馬克思主義理論一級學科下的思想政治教育碩士點，有公共管理一級學科碩士點。