馬克思主義學(xué)院前身是北京中醫(yī)藥大學(xué)社科部，1957年底成立，時(shí)名政治理論課教研組，1986年成立社科部，2003年6月與公共外語部組建文法系。2009年3月，學(xué)校獨(dú)立設(shè)置社會(huì)科學(xué)部二級(jí)教學(xué)科研機(jī)構(gòu)，與人文學(xué)院合署辦公。2015年10月，成立馬克思主義學(xué)院，獨(dú)立設(shè)置二級(jí)機(jī)構(gòu)，統(tǒng)一管理思想政治理論課和馬克思主義理論學(xué)科建設(shè)，進(jìn)行馬克思主義理論人才培養(yǎng)。馬克思主義學(xué)院設(shè)有六個(gè)教研室分別為：思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)教研室、中國(guó)近現(xiàn)代史綱要教研室、馬克思主義基本原理教研室、毛澤東思想和中國(guó)特色社會(huì)主義理論體系教研室、形勢(shì)與政策教研室、大學(xué)生成才與職業(yè)發(fā)展教研室。兩個(gè)研究中心分別為：北京中醫(yī)藥大學(xué)馬克思主義中國(guó)化研究中心，北京中醫(yī)藥大學(xué)思想政治教育研究中心。

       學(xué)院現(xiàn)有專任教師人24人，教授4人，副教授7人，講師13人；博士占88%，45歲以下教師占到75%。擁有教育部“新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計(jì)劃”1人，北京市新世紀(jì)中青年社科理論人才“百人工程”1人，北京高等學(xué)校青年英才計(jì)劃2人；北京市優(yōu)秀德育工作者2人，北京市思想政治理論課特級(jí)教師2名、北京高校思想政治理論課揚(yáng)帆資助計(jì)劃教師1名。2016年以來，馬克思主義學(xué)院先后榮獲北京市德育先進(jìn)集體和學(xué)校先進(jìn)基層黨支部等稱號(hào)。

       學(xué)院承擔(dān)全校本科生、研究生思想政治理論課教育教學(xué)和馬克思主義理論學(xué)科建設(shè)及專業(yè)人才培養(yǎng)任務(wù)。面向?qū)W校開設(shè)共計(jì)40門課程，其中公共必修課和選修課程27門，馬克思主義理論專業(yè)課程13門。有三門思想政治理論課被評(píng)為校級(jí)精品。學(xué)院教師先后獲得北京市青年教師基本功比賽一等獎(jiǎng)、北京市思想政治理論課教師基本功比賽一等獎(jiǎng)、二等獎(jiǎng)5人次。有校級(jí)教學(xué)名師1人，學(xué)?！拔易钕矏鄣睦蠋煛?人，校級(jí)優(yōu)秀教師4人、校級(jí)優(yōu)秀班主任3人。2018年獲批馬克思主義理論一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。分別為馬克思主義基本原理、馬克思主義中國(guó)化、思想政治教育。

       學(xué)院近三年新增國(guó)家社科基金后期資助項(xiàng)目、教育部人文社科研究青年基金項(xiàng)目、北京社會(huì)科學(xué)規(guī)劃項(xiàng)目、國(guó)家中醫(yī)藥管理局、北京市中醫(yī)管理局等校外課題17項(xiàng)，校內(nèi)科研課題18項(xiàng)。新增科研經(jīng)費(fèi)近200萬元。近三年出版著作13部（包含參與），發(fā)表科研論文100多篇。

       在學(xué)校黨委的統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)下，在校各職能部門和有關(guān)學(xué)院的大力支持下，馬克思主義學(xué)院各方面工作取得了很大進(jìn)展，師資結(jié)構(gòu)更為合理，教學(xué)質(zhì)量與辦學(xué)水平逐步提高，學(xué)科建設(shè)與科研工作明顯提升，正日漸成為馬克思主義理論教學(xué)和研究基地、服務(wù)于中醫(yī)藥專門人才和全面參與人類健康事業(yè)的復(fù)合型人才思想政治素質(zhì)及人文素養(yǎng)培養(yǎng)的學(xué)院。