首都醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院于2004年建院，著名藥物化學(xué)家彭師奇教授為首任院長。學(xué)院建院初始名為首都醫(yī)科大學(xué)化學(xué)生物學(xué)與藥學(xué)院，2016年更名為首都醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)院。

藥學(xué)院設(shè)藥物化學(xué)系、藥理學(xué)系、藥劑學(xué)系、天然藥物學(xué)系、化學(xué)生物學(xué)系、臨床藥學(xué)系，以及實驗教學(xué)中心、藥物研究所6系1中心1所。其中實驗教學(xué)中心面向全校學(xué)生開設(shè)化學(xué)基礎(chǔ)課。其中臨床藥學(xué)系依托學(xué)校21家附屬醫(yī)院藥學(xué)部，于2006年建系在附屬北京天壇醫(yī)院（第五臨床醫(yī)學(xué)院）藥學(xué)部。

藥學(xué)院現(xiàn)有教職員工54人，其中教師41人，具有博士學(xué)位的占95%。實驗室技術(shù)人員6人，行政管理人員6（含1名非編參照管理和1名行政保研）人。其中副教授以上29人，博導(dǎo)9人、碩導(dǎo)29人。

藥學(xué)院現(xiàn)有藥物化學(xué)、藥理學(xué)共2個北京市重點學(xué)科，藥劑學(xué)、藥物分析學(xué)共2個北京市重點建設(shè)學(xué)科，1個教育部工程研究中心，1個北京市重點實驗室，藥理學(xué)和毒理學(xué)進(jìn)入全球前5‰。

藥學(xué)院設(shè)置藥學(xué)和臨床藥學(xué)2個專業(yè)，其中，藥學(xué)專業(yè)為4年制；臨床藥學(xué)專業(yè)（包括5+2本-碩獲畢業(yè)證、學(xué)位證和住院藥師規(guī)范化培訓(xùn)證三證合一模式）為5年制。2006年獲北京市實驗教學(xué)示范中心，2012年獲藥學(xué)專業(yè)獲國家級特色專業(yè)，2015年獲國家級實驗教學(xué)示范中心，以及北京市校內(nèi)創(chuàng)新實踐基地，2017年獲首批國家級虛擬仿真實驗教學(xué)項目，2018年臨床藥學(xué)專業(yè)通過教育部專業(yè)認(rèn)證，2019年臨床藥學(xué)專業(yè)獲國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點，2020年藥學(xué)專業(yè)獲國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點，2門國家級一流本科課程，1門北京市高校優(yōu)質(zhì)本科課程，2項北京市高等教育教學(xué)成果二等獎，1門課程列入學(xué)習(xí)強國。2名教授享受國務(wù)院政府津貼，1名北京市勞動模范，2名北京市教學(xué)名師，1名北京市青年教學(xué)名師，2名北京市優(yōu)秀教師，1名北京師德榜樣，1名首都勞動獎?wù)芦@得者和1名教育部霍英東教育教學(xué)獎等。

藥學(xué)院于2006年獲藥學(xué)一級學(xué)科碩士授權(quán)點，2010年獲藥學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位授權(quán)點，2011年獲藥學(xué)一級學(xué)科博士授權(quán)點，2012年獲藥學(xué)博士流動站，2012年學(xué)科評估第20名，2016年學(xué)科評估為B+。有4個北京市創(chuàng)新團隊、6個北京市拔尖人才、1個北京市高層次創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)領(lǐng)軍人才、科技部“863”青年科學(xué)家、1個北京市長城學(xué)者、1個北京市高層次留學(xué)人才回國資助項目、4個北京市骨干教師、1個北京市青年拔尖人才、4個北京市科技新星和7個北京市優(yōu)秀人等。

藥學(xué)院面向全校承擔(dān)本科、?？?、專升本、研究生和留學(xué)生等5個層次62門3700多學(xué)時的理論課和58門7900多學(xué)時的實驗課，共11600多學(xué)時。藥學(xué)院堅持“教育為本”的建院宗旨，堅持本科生“課內(nèi)+課外”的育人模式，即“課內(nèi)”包括，所有課程的“課程思政”和“安全育人”；所有實驗課都是“一人一套”、獨立操作“大型儀器”、基于新藥研究的“藥學(xué)專業(yè)實驗”，以及能實不虛，虛實結(jié)合的“虛擬仿真”實驗教學(xué)。此外，“課外”包括大一本科生導(dǎo)師制、大二課內(nèi)實踐，以及臨床醫(yī)院和藥學(xué)基地實踐等。藥學(xué)和臨床藥學(xué)十余年的平均讀研率大于67%，其中最高為83%。兩個專業(yè)的專業(yè)就業(yè)率高于90%。

建院以來，藥學(xué)院針對血栓、腫瘤、退行性疾病等開展預(yù)防、治療和顯影等藥物的研究，承擔(dān)過“973”、“863”、“十一五”、“十二五”、“十三五”等科技部新藥創(chuàng)制重大專項、國家自然科學(xué)基金、北京市自然重點項目等。發(fā)表SCI論文300余篇，最高IF>14.0。授權(quán)的國家發(fā)明專利390余項，其中1項轉(zhuǎn)讓專利已完成美國FDA批準(zhǔn)的二期臨床試驗。受美國Wiley出版社邀請主編并撰寫“Pharmaceutical Bioassays: Methods And Applications”1部，已于2009年出版。參編Wiley出版社專著2部等，獲北京市科技進(jìn)步獎二等獎1項。

建院以來承擔(dān)教育部、北京市以及校級教學(xué)改革課題90余項、發(fā)表教改論文140余篇、主編教材4部，自編臨床藥學(xué)專業(yè)教材一套19部。獲90項虛擬仿真實驗項目軟件著作權(quán)。2項北京市高等教育教學(xué)二等獎。

學(xué)院現(xiàn)有藥學(xué)研究相關(guān)的Discovery Studio、Material Studio、300 MNMR、500 MNMR、800 MNMR、ESR、ESI-MS-MS、UPLC-FT-MS、ICP-MS-MS、QTOF、各種檢測器的HPLC、激光納米粒度儀等藥學(xué)儀器平臺，以及實體黨員之家，學(xué)生之家，教職工之家，學(xué)生輔導(dǎo)員工作室，海外留學(xué)歸國人員活動室，民主黨派工作室等公共平臺。

學(xué)院除21家附屬臨床醫(yī)院藥學(xué)部為實踐基地，還與北京世橋生物制藥有限公司、浙江醫(yī)藥股份有限公司、北京恒潤泰生醫(yī)藥科技有限公司、中國醫(yī)療集團有限公司、以及臺灣順天生物醫(yī)藥股份有限公司等建立實踐基地。

藥學(xué)院始終堅持社會主義辦學(xué)方向，全面貫徹黨的教育方針，堅持以立德樹人為根本，秉承“大膽創(chuàng)新做一流學(xué)問，小心求證育頂尖人才，教育為本”的建院宗旨，基于化學(xué)、生物學(xué)、醫(yī)學(xué)和化學(xué)生物學(xué)，已經(jīng)形成人才培養(yǎng)、知識產(chǎn)權(quán)保護、科學(xué)研究構(gòu)成的精品藥學(xué)教育、專業(yè)建設(shè)和學(xué)科建設(shè)。站在“十四五”的起點上，學(xué)院將繼承“首醫(yī)藥學(xué)”的優(yōu)良傳統(tǒng)，牢記社會責(zé)任，服務(wù)健康中國、健康北京、京津冀協(xié)同發(fā)展戰(zhàn)略、國際一流和諧宜居之都等，努力辦人民滿意的大學(xué)，培養(yǎng)人民滿意的藥學(xué)高等人才，支撐教學(xué)、科研和社會服務(wù)，努力將學(xué)院建設(shè)成為國際一流、有特色的研究型藥學(xué)院。