2001年，組建青海大學農(nóng)牧學院生物科學系。2004年，生物科學系成為青海大學直屬系。2012年5月，在原青海大學生物科學系基礎(chǔ)上成立青海大學生態(tài)環(huán)境工程學院。學院順應(yīng)國家生態(tài)文明建設(shè)戰(zhàn)略和青海省生態(tài)立省戰(zhàn)略、國家新興戰(zhàn)略性產(chǎn)業(yè)——生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)和青藏高原特色生物資源保護利用產(chǎn)業(yè)發(fā)展的需求，先后設(shè)立生物技術(shù)、環(huán)境科學、生物工程、環(huán)境生態(tài)工程和生態(tài)學5個專業(yè)以及生態(tài)學一級學科和資源生物學交叉學科2個碩士學位授權(quán)點。全院55名教職工中，教授12名，副教授15名，博士生導師8名、碩士生導師27名，博士學位教師總?cè)藬?shù)為28名，博士比例達到49%。是青海大學教學院系中教師學歷層次最高的學院之一。

學院入選寶鋼優(yōu)秀教師獎2人、三江源學者特聘教授3人、青海省五四青年獎?wù)?人、青海省優(yōu)秀教育工作者1人、校級教學名師1人。1名教師獲得國家級青年教師教學競賽理科組三等獎，省級青年教師教學技能競賽理科組第一名和校級思政教學競賽二等獎，11名教師先后獲得“青海省小島獎學金”、“骨干教師”、“師德標兵”等榮譽稱號。2019年，入選青海高端千人計劃領(lǐng)軍人才2人，入選青海高端千人計劃引進拔尖人才和培養(yǎng)拔尖人才分別為15名和6名。積極推進青海大學三江源生態(tài)一流學科人才高地試驗點建設(shè)，共引進學術(shù)帶頭人2人、培養(yǎng)學術(shù)帶頭人7人，引進青年教學科研骨干人才2名，培養(yǎng)青年教學科研骨干人才25名，確定7個培養(yǎng)團隊和2個引進團隊。學院下設(shè)院辦公室、教學管理部、科研管理部、學生管理部（團委）、研究生管理辦公室五個行政機構(gòu)和生物技術(shù)、環(huán)境科學、生物工程、環(huán)境生態(tài)工程、生態(tài)學五個教研室。近年來，學院教學班級近30個，在校本科生達到1000余名，研究生50余名。

擁有省級生物學重點學科、省級生物科學實驗教學示范中心、省級分子生物學與生物化學重點實驗室以及中美猶他綠色聯(lián)盟—新能源示范中心、高原水生生物和生態(tài)研究所和青海大學生物產(chǎn)業(yè)技術(shù)發(fā)展研究所。自2002年以來，先后由清華大學、西北農(nóng)林科技大學開展對學院的對口支援工作，在學科建設(shè)、師資培養(yǎng)、學生培養(yǎng)、實驗室建設(shè)和科研合作等方面給予了大力支持。

近年來，學院1000人左右的在校本科生中內(nèi)地生源和本地生源比為4:6。我院本科生的英語四、六級通過率和考研率一直名列全校前茅，20%以上的本科生進入中國科學院相關(guān)研究所、清華大學、南京大學、廈門大學、中國地質(zhì)大學、湖南大學、蘭州大學、貴州大學、西北農(nóng)林科技大學等國內(nèi)重點大學繼續(xù)深造。在校本科生參加省級以上競賽的比例達20%以上；每年獲得國家獎學金、二炮獎學金、優(yōu)秀學生獎學金等各類別獎學金的學生占學生總數(shù)的20%以上。本科生的畢業(yè)論文全部來自于教師的科研課題。學院積極整合校內(nèi)外教育教學資源，積極創(chuàng)新本科人才培養(yǎng)模式，先后組建“高原生物學菁英班”和“三江源國家公園專業(yè)技術(shù)人才培養(yǎng)班”，與科研院所和國家公園管理部門聯(lián)合培養(yǎng)生態(tài)保護本科專業(yè)人才。

學院擁有省級生物學重點學科、省級生物科學實驗教學示范中心、省級分子生物學與生物化學重點實驗室以及中美猶他綠色聯(lián)盟—新能源示范中心、高原水生生物和生態(tài)研究所和青海大學生物產(chǎn)業(yè)技術(shù)發(fā)展研究所。近年來，學院積極組織力量，先后承擔了省部共建三江源生態(tài)與高原農(nóng)牧業(yè)國家重點實驗室、三江源生態(tài)一流學科建設(shè)、生態(tài)學一級學科博士點碩士點和生態(tài)學本科專業(yè)等的申報工作，為國家重點實驗室和三江源生態(tài)一流學科的獲批貢獻了力量。在校黨委的領(lǐng)導下，在清華大學、西北農(nóng)林科技大學的對口幫扶下，學科建設(shè)取得了長足的進步。學院圍繞著生態(tài)學一流學科建設(shè)這一核心任務(wù)，2017年申報獲批生態(tài)學一級學科碩士點，生態(tài)學本科專業(yè)于2018年開始招生。學院擁有國家級精品視頻公開課、省級精品課程、校級精品課程各1門；校級重點建設(shè)課程6門、校級核心課程5門、校級課堂教學和考試綜合改革建設(shè)1門、校級素質(zhì)類選修課程建設(shè)1門。主持完成校級教研教改項目11項、校級教材建設(shè)項目3項。

學院以青藏高原獨特的區(qū)域優(yōu)勢和豐富的生物資源為研究對象，立足國家生態(tài)文明建設(shè)戰(zhàn)略和“生態(tài)立省”戰(zhàn)略，圍繞青藏高原生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展中的重大瓶頸問題，開展高原動物、植物和極端環(huán)境微生物資源保護和利用、青藏高原生態(tài)環(huán)境保護與評價、天然產(chǎn)物應(yīng)用研究與開發(fā)等方面的研究。目前我院共承擔各類科研項目53項，科研總金額達3000萬元；近3年共發(fā)表論文258篇，其中SCI收錄論文26篇；2012年，《青海湖裸鯉物種保護技術(shù)研究》分獲中國水產(chǎn)科學研究院科技進步獎二等獎和青海省科學技術(shù)進步獎二等獎各1項；2017年，《青海湖裸鯉人工增殖放流技術(shù)集成及應(yīng)用》獲青海省科學技術(shù)進步獎一等獎1項、《青海湖裸鯉人工增殖放流技術(shù)》獲得中國水產(chǎn)科學研究院科技進步獎三等獎1項。2018年，學院成為青海省農(nóng)牧業(yè)科技創(chuàng)新平臺—冷水養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)技術(shù)轉(zhuǎn)化研發(fā)與水生生物保護平臺的技術(shù)依托單位，李長忠教授擔任首席專家。

2002年清華大學對口支援青海大學生物科學系（2012年更名為生態(tài)環(huán)境工程學院）工作啟動以來，在校黨委正確領(lǐng)導和各相關(guān)單位的關(guān)心與支持下，清華大學生命科學學院（原生物科學與技術(shù)系）和環(huán)境學院領(lǐng)導和老師們的鼎立相助下，經(jīng)過學院全體師生的齊心努力，學院在一流學科建設(shè)、課程建設(shè)、實驗室建設(shè)、學位點建設(shè)、師資隊伍建設(shè)和科研等方面取得了顯著成效，初步建成了服務(wù)于全校生物類和非生物類本科生和碩士研究生理論教學和實踐教學的公共基礎(chǔ)平臺，教學水平、管理水平和科研水平得到明顯提高，為生態(tài)環(huán)境工程學院的長足發(fā)展奠定了堅實的基礎(chǔ)。2011年，增列西北農(nóng)林科技大學為對口支援單位，由西北農(nóng)林科技大學生命科學學院和資源環(huán)境學院開展對口幫扶，并選派李玉平博士擔任院領(lǐng)導。2015年，清華大學環(huán)境學院開始對口支援工作。

清華大學對口支援我院十七年來，生命科學學院黨委書記吳慶余教授、院長王宏偉教授、副院長陳曄光教授、學位委員會主席張秀芳教授、副院長張榮慶教授、黨委副書記兼生命科學實驗教學示范中心主任張貴友副教授、示范中心主任屠萍官教授以及清華大學環(huán)境學院劉毅書記等來學院指導學科建設(shè)、人才培養(yǎng)和科學研究工作。

西北農(nóng)林科技大學對口支援我院八年來，呂家瓏院長、韋革宏院長、張帆副院長、陶士珩教授等親臨青海大學生態(tài)環(huán)境學院指導工作，指導學科建設(shè)和人才培養(yǎng)工作。

迄今為止，對口支援院校先后有近50人次來我院做學術(shù)報告，青海大學參加學術(shù)報告會的教師在1500人次以上。指導20多門本科課程建設(shè)，2次參加本科教學計劃的修改論證，10多次修改完善平臺建設(shè)項目。尤其是在國家重點實驗室建設(shè)、生態(tài)學一流學科建設(shè)、生態(tài)學一級學科碩士點建設(shè)方面積極作為，助力申報工作。近年來，有30多名本科生到對口支援院校攻讀學位。我院6名年輕教師到口支援院校攻讀博士學位，有30多人次到對口支援院校進行單科進修和短期培訓。

面對取得的成績，我們對清華大學和西北農(nóng)林科技大學的領(lǐng)導和老師們充滿感激之情！面對未來，我們充滿信心。我們將總結(jié)過去對口支援的經(jīng)驗，積極探索對口支援的新模式，開創(chuàng)對口支援工作的新局面。

隨著2016年“省部共建三江源生態(tài)與高原農(nóng)牧業(yè)國家重點實驗室”、2017年青海大學三江源生態(tài)學科進入一流學科建設(shè)行列、生態(tài)學一級學科碩士授權(quán)點和生態(tài)學本科專業(yè)等的先后獲批，生態(tài)學一流學科及其相關(guān)的學科群建設(shè)走上了快車道。全院師生在校黨委的堅強領(lǐng)導下，緊緊抓住學校發(fā)展的有利時機，扎實推進學院師資隊伍建設(shè)、提升科研能力、提高本科培養(yǎng)水平，勠力同心、迎難而上，續(xù)寫新的篇章。