生態(tài)學本科專業(yè)成立于2003年，依托水生生物學國家重點學科，由系（生態(tài)學系）所（水生生物研究所）合一負責專業(yè)建設，2004年招收第一屆本科生。本專業(yè)以服務地方和國家生態(tài)建設為主導，圍繞國家及地方在水域生態(tài)環(huán)境保護和水生資源開發(fā)利用等方面的重大需求開展教學、科研及平臺建設。依托暨南大學水生生物國家重點學科，根據(jù)我國尤其是珠三角及港澳地區(qū)社會經(jīng)濟發(fā)展對生態(tài)學專門人才的需求，充分利用在水域生態(tài)學理論、富營養(yǎng)化及生態(tài)修復理論與方法等領域長期積累的理論和實踐優(yōu)勢，培養(yǎng)具有扎實專業(yè)基礎知識、實踐創(chuàng)新能力，尤其是在水域生態(tài)學及相關實驗技能方面具備明顯理論及實踐優(yōu)勢的高素質生態(tài)專業(yè)人才。2010年獲批建設廣東省高等學校特色專業(yè)。